مؤشر حيوي جديد يتنبأ باستجابة سرطان الثدي ثلاثي السلبية للعلاج الكيميائي

طوّر باحثون منهجًا حسابيًا جديدًا مصممًا لتحسين فهم التغيرات في التعبير الجيني داخل الأورام وعلاقتها ببيئاتها الدقيقة الفريدة.

وقد تفوّق هذا المنهج على الطرق الحالية في التنبؤ باستجابة المرضى المصابين بسرطان الثدي ثلاثي السلبية للعلاج الكيميائي.

نُشرت اليوم في مجلة "سيل ريبورتس ميديسين" أداة جديدة طوّرها الدكتور ويني وانغ، أستاذ المعلوماتية الحيوية وعلم الأحياء الحاسوبي، وزملاؤه.

تهدف هذه الأداة إلى تحسين الطرق المشابهة للتنبؤ باستجابات العلاج باستخدام منهجية تُعرف باسم "فك التشفير"، والتي تتضمن تحليل الاختلافات الخلوية وحسابها وتفسيرها.

وقد كشفت هذه المنهجية أيضًا عن رؤى جديدة حول خصائص سرطان الثدي الثلاثي السلبي على مستوى الخلايا.

قال وانغ: "استراتيجيات فك التشفير ليست حلاً واحداً يناسب الجميع، نحن نركز على جعل هذه الأساليب في متناول الباحثين الذين لا يملكون خلفيات حسابية واسعة، بهدف ترجمة هذه الأساليب التحليلية القوية إلى أدوات عملية يمكن لمجتمع أبحاث السرطان الأوسع تطبيقها بسهولة للنهوض بالطب الدقيق".

التنبؤ بنتائج العلاج

مع العلم بوجود العديد من الأدوات الحسابية المتاحة، نشر وانغ وزملاؤه مؤخرًا دليلًا شاملًا يشرح بالتفصيل 43 من طرق فك التشفير هذه.

وكان هدفهم مساعدة الباحثين الذين لا يملكون خبرة واسعة في مجال الحوسبة على فهم الطريقة الأنسب لأهداف دراستهم المحددة.

ومع ذلك، فبينما تقيس استراتيجيات التصنيف الحالية تكوين الخلايا، فإنها لا تأخذ في الاعتبار التغيرات التي تحدث في التعبير الجيني داخل الأورام فيما يتعلق ببيئاتها الدقيقة الفريدة.

لمعالجة هذه المشكلة، تعاون الباحثون مع معهد علوم البيانات في علم الأورام (IDSO) وقسم الأورام الطبية للثدي في مركز إم دي أندرسون للسرطان لتطوير تحليل شامل متكامل يأخذ في الاعتبار أيضًا التعبير الكلي للرنا المرسال الخاص بالورم (TmS).

ويراعي هذا النهج نسبة الخلايا السرطانية إلى الخلايا غير السرطانية كوسيلة لتحديد الآليات الخاصة بالسرطان.

بينما يتناسب التعبير الجيني للـ mRNA في الخلايا الطبيعية طرديًا مع عدد الكروموسومات، فإن الخلايا السرطانية تحتوي على عدد غير طبيعي من الكروموسومات.

يأخذ المؤشر الحيوي TmS هذا الأمر في الحسبان، موضحًا تغيرات التعبير الجيني نسبةً إلى عدد الكروموسومات في الخلايا السرطانية.

كما يأخذ هذا المؤشر الحيوي في الحسبان أيضًا تغيرات نشاط الحمض النووي الريبوزي (RNA) في خلايا البيئة الدقيقة للورم مقارنةً بخلايا الورم نفسها.

ماذا وجد الباحثون؟

في مجموعة بيانات تضم 575 مريضًا مصابًا بسرطان الثدي الثلاثي السلبي من مجموعات متنوعة عرقيًا، تمكن المؤشر الحيوي TmS من فرز المرضى بدقة إلى أولئك الذين لديهم TmS مرتفع، أو تشخيص جيد، وTmS منخفض، أو تشخيص سيئ.

تفوق المؤشر الحيوي على الطرق الحالية للتنبؤ بالاستجابة للعلاج الكيميائي، مما يسلط الضوء على إمكاناته كنقطة انطلاق فعالة لتصنيف المرضى لتحسين اختيار العلاج.

ومن المهم أن هذا المؤشر الحيوي للتنبؤ ينطبق على جميع السكان، مع تسليط الضوء أيضًا على وجود اختلافات رئيسية في البيئات الدقيقة للأورام لدى المجموعات العرقية الغربية والآسيوية ذات معدل TmS المرتفع والتي يمكن أن تسمح للأطباء أيضًا بمطابقة العلاجات الإضافية التي من المحتمل أن تعمل بشكل أكثر فعالية لكل مجموعة سكانية.

في حين أن هناك حاجة إلى مزيد من التحقق لتطوير هذه الأداة في العيادة، تشير هذه النتائج إلى أن المؤشر الحيوي TmS هو نهج واعد لتحسين اختيار العلاج عبر مجموعات سكانية متنوعة.